Głównym bohaterem gry jest Fenyx, zapomniany bohater lub bohaterka (zależnie od naszego wyboru - kreator postaci oferuje szeroką gamę cech wyglądu do spersonalizowania protagonisty). Podejmuje się ona trudnego zadania uratowania greckich bogów poprzez odzyskanie ich esencji, potrzebnej im do rządzenia światem. Utracili oni ją w skutek działań Tyfona, najstraszliwszego z tytanów, wyklutego z jaj podarowanych Gai przez Tartara. Darzy on bogów nienawiścią odkąd jego pobratymcy zostali przez nich zamknięci w podziemnym świecie – od tego czasu dąży też do przejęcia kontroli nad światem. By go powstrzymać, udajemy się na Złotą Wyspę, gdzie poznając całą plejadę postaci z mitologii greckiej dążymy do przywrócenia pełni mocy bogom. Jednocześnie Fenyx podejmuje próbę poznania swojej zapomnianej przeszłości.
Narracja w Immortals: Fenyx Rising jest bardzo humorystyczna i przystosowana także do młodszych odbiorców. Za prowadzenie historii odpowiada Prometeusz, wspierany od czasu do czasu przez Zeusa, żywo zainteresowanego misją Fenyx.