Prototype, to gra akcji. Gracz kieruje postacią Aleksa Mercera -
tytułowego prototypu, obdarzonego przez genetyczne eksperymenty nadnaturalnymi
zdolnościami. Zmiany poczynione w jego genomie doprowadziły do tego, że posiada
on zadziwiającą zdolność transformacji własnego ciała. Dzięki temu może
przyjmować wygląd napotkanych ludzi. Potrafi on również przejmować ich
wspomnienia i umiejętności. W trakcie starcia bohater może w ten sposób
zmodyfikować swoje ciało, by stało się potężną maszyną do zabijania.
Wykształcenie ogromnych szponów czy przyjęcie postaci ogromnego monstrum nie
stanowi dla niego problemu. Alex zmuszony jest skorzystać ze swoich zdolności,
by odnaleźć swoją tożsamość (nie pamięta niczego, co działo się przed
eksperymentami), a także zmierzyć się z licznymi organizacjami wchodzącymi w
skład rozległego spisku. W tym celu przemierza Nowy York, wykonuje rozmaite
zlecenia, czasem działając w ukryciu a czasem stając do otwartej walki. W takich
momentach wykorzystuje swój rozległy arsenał ciosów, a jego ataki odznaczają się
taką mocą, że nie tylko masakruje przeciwników, ale również dewastuje otoczenie.
Grafika programu jest trójwymiarowa.